Современная экологическая наука немыслима без тесного партнерства научных, образовательных, производственных организаций, контактов между вузами и общественными организациями, активного сотрудничества с органами власти и международными организациями.
Среди российских партнеров экологического факультета - научно-исследовательские, производственные, консалтинговые, правительственные организации. Сотрудничество включает организацию практик студентов, открытые лекции специалистов для студентов, совместные исследовательские проекты.
Большое значение для факультета имеют зарубежные контакты.
Среди вузов Шанхайской организации сотрудничества РУДН - головной по направлению «Экология». Программы востребованы иностранными студентами. Развиваются программы сотрудничества с зарубежными вузами и научными организациями. Представители факультета принимают участие в международных проектах.
Обучение по программам включенного обучения в сотрудничестве с зарубежными университетами позволяют студентам получить неоценимый опыт - образование за рубежом, участие в студенческой жизни вместе с зарубежными сверстниками, знакомство с культурой и наукой страны, языковая и профессиональная практика.
Реализуются магистерские программы двойных дипломов совместно с университетами Италии, Китая, Казахстана, Беларуси.
С 2020 г. впервые открываются две совместные программы подготовки аспирантов "Modern Environmental Studies" в сотрудничестве с Университетом Витовта Великого (Vytautas Magnus University, Литовская Республика) и Международным государственным экологическим институтом им. А.Д. Сахарова Белорусского государственного университета (Республика Беларусь).
Важнешее направление - сотрудничество с международной партнерской сетью UI Green Metric Worl University Ranking - участниками рейтинга зеленых университетов. РУДН является национальным координатором Green Metric с 2017 г.